يعود تاريخ الخلاف الذي يعرف اليوم بالخلاف السني-الشيعي في أصوله إلى خلاف سياسي ظهر مع عصر الخلفاء الأربعة المعروفين عند السنة
بالخلفاء الراشدين، وهو يدور اليوم بشكل رئيسي حول إمامة علي بن أبي طالب و أحقيته بالخلافة والنزاع الذي دار بين علي و معاوية من جهة و علي وأصحاب الجملمن جهة أخر بعد
فتنة مقتل عثمان.
إلا أن هذا الخلاف ما لبث ان تعمق بعد ذلك وخاصة بعد ما لقي الشيعة على يد الحكام الأمويين والعباسيين والذين بذلوا كل ما يستطيعون لتضييق الخناق على أئمة الشيعة وأتباعهم مما زاد من الهوة بين الحكم و الشيعة و زاد من احساس الفرق الشيعية بالظلم .
و رغم أن الخلاف بدأ سياسيا وعقائديا يتناول مسألة الإمامة و أحقية الخلافة إلا أنه تحول بعد ذلك الى خلاف عقائدي و فقهي أعمق عندما ترسخت نظرية الإمامة الشيعية و التي تعتقد أن الإيمان بإمامة آل البيت من أصول الدين وظهور المذاهب الفقهية الأخرى المخالفة . و كان الشيعة يخطئون أبو بكر و عمر و ليس معاوية وحده (كان الكثير من أئمة أهل السنة يؤيدون نظرة الشيعة في تخطئة معاوية في خروجه على علي بن أبي طالب ).
ومما يجدر ذكره أن الخلاف بين الطائفتين هو في أصول الدين الذي يكتمل بها الإيمان . و حقيقة ذلك، أنه بسبب خلاف الفرقتين في عدالةالصحابةالذين رضوا بخلافة من سبق الإمام علي بن أبي طالب والأخذ منهم وممن تابعهم على ذلك، فإن الشيعة لا يعتقدون بصحة ما يثبته أهل السنة من رواية الحديث، أو نقل وفهم نصوص القرآن، أو نقولاتهم في مسائل العقيدة أو الفقه أو التفسير أو غيرهاو كذلك بالنسبة للسنة فهم يضعفون من إتهموهم بالمغالاة في التشيع ويردون حديثه و يفرق أئمة الحديث السنة بين متشيع بمعنا مؤيد لعلي في نزاعه مع معاوية و المؤيدون من بعده ,و المعتقدين بإمامة علي الذين لا يقرون بخلافة أبو بكر و عمر و عثمان فيأخذون من الطرف الأول و لا يأخذون من الطرف الثاني لأنهم يعتبرونهم محط شبهة للوضع في الحديث . وهذا ما زاد عمق الهوة بين الطرفين .
كما إن بعض الفكر الشيعي كالإسماعيلي تطور فيما بعد بتبني مجموعة الأفكار الغنوصية العرفانية مما أبعده أكثر عن طرق الفقهاء المسلمين إلى أن تشكلت فرق الصوفية ضمن أهل السنة و التي نافست الشيعة الإسماعيلية على تبني الأفكار الغنوصية .
هذا بإختصار لكن يمكنك البحث أكثر و التعمق لأنها مسألة متشعبة و متفرقة و لكن أنصحك بأن تكون نظرتك نظرة الناقد لا القاؤئ